Подходы к анализу событий альтернативного сплайсинга в децидуальных клетках плаценты человека

doi:10.17223/19988591/69/6

Эндаумент фонд ТГУ!
Впиши своё имя в историю университета
- Сделать пожертвование -

Add to "Quick Collection"

Description	Size	Format
Подходы к анализу событий альтернативного сплайсинга в децидуальных клетках плаценты человека	617 KB	Adobe Acrobat PDF	Read	Download
DOI Доступ к ресурсу на сайте издателя			10.17223/19988591/69/6

#альтернативный сплайсинг

#полнотранскриптомное секвенирование

#плацента

#децидуальные клетки

Title: Подходы к анализу событий альтернативного сплайсинга в децидуальных клетках плаценты человека
Creator: Гавриленко, Мария Михайловна
|
Трифонова, Екатерина Александровна (кандидат медицинских наук)
|
Бабовская, Анастасия Александровна
|
Зарубин, Алексей Андреевич
|
Сваровская, Мария Геннадьевна
|
Ижойкина, Екатерина Владимировна
|
Степанов, Вадим Анатольевич
Date: 2025
DOI: 10.17223/19988591/69/6
Description: Альтернативный сплайсинг мРНК – ключевой этап посттранскрипционной регуляции экспрессии генов, который обеспечивает экспрессию различных изоформ РНК. Этот механизм играет важную роль в развитии и функционировании плаценты. В качестве объекта исследования выбраны децидуальные клетки, которые имеют ключевую роль как в поддержании физиологической беременности, так и в развитии акушерских осложнений. В исследовании проведено глубокое РНК секвенирование с детальным анализом событий альтернативного сплайсинга в плацентарной ткани при физиологическом течении беременности. Для анализа аннотированных классических событий альтернативного сплайсинга использованы программы MAJIQ, rMATS, SGSeq. В децидуальных клетках идентифицировано с помощью программы MAJIQ 3 501 аннотированное бинарное событие АС для 2 7 31 генов; с помощью программы rMATS – 66 687 событий для 14 784 генов; с помощью программы SGSeq – 15 782 события для 5 616 генов. Идентифицировано 15 887 экспрессирующихся в плаценте и подверженных альтернативному сплайсингу, из которых 1 857 генов являются общими по результатам трех различных программ. Анализ реконструированной генной сети позволил выявить регуляторные связи, обеспечивающие координированную экспрессию большинства центральных генов, которые ассоциированы с иммунной системой, клеточной миграцией, межклеточными контактами и регуляцией экспрессии. Полученные результаты подтверждают важность альтернативного сплайсинга, который существенно увеличивает транскрипционное разнообразие и представляет собой значимый механизм регуляции генов в децидуальных клетках.