Рассматриваются алгоритмы фрактального анализа и фильтрации микроскопических изображений на многих масштабах с использованием кратномасштабного анализа Фурье и скользящих окон. Предложены фрактальные меры, инвариантные относительно масштабных преобразований. С использованием этих фрактальных мер разработаны алгоритмы локальной фрактальной фильтрации изображений, реализованы в виде интерактивного программного комплекса, с помощью которого обрабатывались изображения наноструктур в аморфных и микрокристаллических сплавах.