Описаны существующие подходы к классификации источников финансирования региональной инновационной деятельности. Показано, что они не позволяют эффективно стимулировать финансовые процессы на уровне региональной инновационной системы. Обоснована необходимость классификации источников финансирования инноваций на уровне типовых объектов региональной инновационной системы. Проанализированы особенности классификации источников финансирования и управления ими на уровне типовых объектов инновационной системы Томской области.