Разработан аналитический метод вычисления элементов матрицы гамильтониана торсионного уравнения Шредингера в базисе функций Матье. Матричные элементы представлены интегралами от произведения трех функций Матье, а также производных этих функций. Аналитические выражения для матричных элементов получены при аппроксимации функций Матье рядами Фурье и представляют собой произведение соответствующих коэффициентов фурье-разложения. Показано, что замена функций Матье высоких порядков одной гармоникой приводит к незначительным погрешностям расчета.