Обобщены данные по применяемым биохимическим и молекулярно-генетическим маркерам в селекции медоносной пчелы. Биохимические маркеры широко используются для оценки продуктивности, зимостойкости и устойчивости к болезням. Среди молекулярно-генетических маркеров интерес представляют отдельные ДНК-локусы, ассоциированные с устойчивостью медоносных пчел к болезням, а также локус mrjp3, который рассматривается в качестве информативного маркера для дифференциации различных пород пчел, а его разнообразие – для отбора семей по продуктивности маточного молочка. Приведены результаты собственных исследований по поиску ДНК-маркеров, ассоциированных с биологическими (устойчивостью к нозематозу) и хозяйственно полезными (продуктивностью) признаками медоносных пчел.