Новая некультивируемая бактерия семейства Gallionellaceae, – описание и реконструкция генома на основе анализа метагенома микробного сообщества кислых шахтных вод

doi:10.7868/S0026365616040108

Эндаумент фонд ТГУ!
Впиши своё имя в историю университета
- Сделать пожертвование -

Данилова, Эржена Викторовна | Кадников, Виталий Валерьевич

Add to "Quick Collection"

Description	Size	Format
Новая некультивируемая бактерия семейства Gallionellaceae, описание и реконструкция генома на основе анализа метагенома микробного сообщества кислых шахтных вод	293 KB	Adobe Acrobat PDF	Read	Download
DOI Доступ к ресурсу на сайте издателя			10.7868/S0026365616040108

#шахтные воды

#дренажные воды

#кислые шахтные дренажи

#окисление железа

#Gallionella, род бактерий

#реконструкция генома

#нуклеотидные последовательности

Title: Новая некультивируемая бактерия семейства Gallionellaceae, – описание и реконструкция генома на основе анализа метагенома микробного сообщества кислых шахтных вод
Title: A novel uncultured bacterium of the family Gallionellaceae: description and genome reconstruction based on the metagenomic analysis of microbial community in acid mine drainage
Creator: Ивасенко, Денис Александрович
|
Белецкий, Алексей Владиславович
|
Марданов, Андрей Владимирович
|
Данилова, Эржена Викторовна
|
Пименов, Николай Викторович
|
Карначук, Ольга Викторовна
|
Равин, Николай Викторович
|
Кадников, Виталий Валерьевич
Date: 2016
DOI: 10.7868/S0026365616040108
Description: Дренажные воды в местах добычи металлов часто характеризуются низким рН и высоким содержанием растворенных металлов вследствие окисления сульфидных минералов. Экстремальные условия таких экосистем ограничивают разнообразие обитающих в них микроорганизмов. Мы исследовали микробное сообщество дренажных вод (температура 6.5°С, pH 2.65) в открытом карьере добычи полиметаллических руд на месторождении Шерловая гора в Забайкалье методами метагеномики. В результате секвенирования метагенома микробное сообщество охарактеризовано на таксономическом и функциональном уровне. Абсолютное большинство микроорганизмов представлено одной некультивируемой линией, представляющей новый вид бета-протеобактерий рода Gallionella. Среди культивируемых представителей семейства Gallionellaceae нет ацидофилов, но сходные последовательности генов 16S рРНК были детектированы в кислых шахтных дренажах. Минорными компонентами сообщества являются бактерии родов Thiobacillus, Acidobacterium, Acidisphaera и Acidithiobacillus, характерные для кислых шахтных дренажей. На основе метагеномных данных определен имеющий размер 3.4 млн нт почти полный композитный геном бактерии этой новой линии, описанной нами как Candidatus Gallionella acididurans ShG14-8. Анализ генома показал, что окисление Fe(II), вероятно, осуществляется с участием цитохромов, локализованных на внешней мембране клеток. Электрон-транспортная цепь включает NADH-дегидрогеназу, цитохром bc1 комплекс, альтернативный комплекс III, и цитохром-оксидазы bd, cbb3, и bo3 типа. Окисление восстановленных соединений серы может осуществляться с участием Sox системы, сульфид-хинон оксидоредуктазы, аденилсульфат редуктазы и сульфат аденилтрансферазы. Имеются гены, необходимые для автотрофной фиксации углерода в цикле Кальвина, но пути фиксации азота отсутствует. Устойчивость к тяжелым металлам может обеспечиваться за счет наличия большого числа транспортеров металлов RND семейства и АТФаз Р-типа. Новый микроорганизм является аэробным хемолитоавтотрофом, представляющим группу психротолерантных железо- и серо-окисляющих ацидофилов семейства Gallionellaceae, распространенных в кислых шахтных дренажах.

Relationships: Show Relationship Browser for this Object
collection(s): Институт биологии, экологии, почвоведения, сельского и лесного хозяйства (Биологический институт)
Identifier: смотреть в электронном каталоге НБ ТГУ
Type: статьи в журналах
Source: Микробиология. 2016. Т. 85, № 4. С. 421-435
Language: rus

Created: 26-10-2018

3029 Visitors

2629 Hits

462 Downloads

Институт биологии, экологии, почвоведения, сельского и лесного хозяйства (Биологический институт) Новая некультивируемая бактерия семейства Gallionellaceae, – описание и реконструкция генома на основе анализа метагенома микробного сообщества кислых шахтных вод