Статья посвящена целям разработки методического инструментария, который даст возможность выделять инновационный потенциал региона из всей совокупности его потенциалов и проводить диагностику его состояния по системе обоснованных характеристик. Дан обзор понятий инновационного потенциала региона зарубежных и отечественных ученых. Определена авторская позиция понятия «инновационный потенциал региона», выделены его основные характеристики, предложена методика оценки инновационного потенциала региона. На примере двух регионов – Ставропольского края и Томской области – рассмотрено применение предложенной автором методики.