Идентификация маркеров аденокарциномы желудка на основе биоинформатического поиска и анализа генной экспрессии

doi:10.17650/2313-805X-2017-4-1-40-45

Эндаумент фонд ТГУ!
Впиши своё имя в историю университета
- Сделать пожертвование -

Add to "Quick Collection"

Description	Size	Format
Идентификация маркеров аденокарциномы желудка на основе биоинформатического поиска и анализа генной экспрессии	521 KB	Adobe Acrobat PDF	Read	Download
DOI Доступ к ресурсу на сайте издателя			10.17650/2313-805X-2017-4-1-40-45

#аденокарцинома желудка

#гистология человека

#гены маркерные

#генетическая база данных

#экспрессия генов

#PMEPA1, белок

#SPARC, ген

#a полимеразные цепные реакции

Title: Идентификация маркеров аденокарциномы желудка на основе биоинформатического поиска и анализа генной экспрессии
Title: Identification of the intestinal type gastric adenocarcinoma transcriptomic markers using bioinformatic and gene expression analysis
Creator: Григорьева, Евгения Сергеевна
|
Краснов, Георгий Сергеевич
|
Литвяков, Николай Васильевич
|
Лисицын, Николай Александрович
|
Воевода, Михаил Иванович
|
Белковец, Анна Владимировна
|
Афанасьев, Сергей Геннадьевич
|
Чердынцева, Надежда Викторовна
|
Волкоморов, Виктор Владимирович
Date: 2017
DOI: 10.17650/2313-805X-2017-4-1-40-45
Description: Введение. Одна из важных задач современной онкологии – поиск ассоциированных с опухолями молекулярных маркеров, которые могут использоваться для диагностики и прогнозирования рака, оценки степени радикальности операции и последующего лечения, а также раннего выявления рецидивов. Одним из продуктивных вариантов подобного поиска является анализ транскриптомных баз данных с применением методов биоинформатики с последующей валидацией полученных результатов на клиническом материале.Цель исследования – поиск мембранных белков, которые могут быть использованы для сывороточной диагностики аденокарциномы желудка интестинального гистологического типа.Материалы и методы. Идентификацию потенциальных маркеров рака желудка (РЖ) проводили с использованием баз данных Gene Ontology и the Cancer Genome Atlas (TCGA). Последующую оценку дифференциальной экспрессии генов выполняли на парных образцах аденокарциномы и нормальной ткани желудка, взятых от 55 пациентов. Экспрессию генов оценивали с помощью полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией в режиме реального времени по методу ΔCq.Результаты. Сравнительный анализ уровней синтеза матричных РНК (мРНК) нормальных и опухолевых тканей с применением нового алгоритма биоинформатического поиска привел к идентификации 3 наиболее высококопийных транскриптов (SULF1, PMEPA1 и SPARC), внутриклеточное содержание которых заметно повышается при РЖ. При анализе уровня мРНК данных генов в клиническом материале наблюдалось более чем двукратное увеличение уровня экспрессии PMEPA1 и SPARC в 75 % образцов РЖ интестинального гистологического типа. В образцах РЖ диффузного гистологического типа этот показатель составил 25 и 38 % соответственно.Выводы. Использование оригинального биоинформатического подхода, основанного на анализе данных TCGA, позволило выявить 2 гена (PMEPA1 и SPARC), преимущественно экспрессирующихся в опухолях желудка интестинального типа. Полученные результаты свидетельствуют об актуальности дальнейшего исследования роли этих генов в патогенезе РЖ и оценки клинической значимости уровня их экспрессии в опухолевой ткани.