Статья посвящена актуальной на сегодняшний день проблеме управления инновационными процессами в экономике региона с целью системной оптимизации. Процесс управления инновациями авторами основывается на анализе внутренней и внешней среды региональной экономики, подверженной постоянным изменениям. В существующих российских и зарубежных исследованиях не наблюдается единого подхода к определению факторов, влияющих на эти среды, а также к усилению роли участников в управлении инновационными процессами. На основе обобщенного материала выделены ключевые характеристики внутренней и внешней среды управления инновациями в экономике региона, включающие агентов процесса, методы и уровни управления, а также капитал. Авторами выявлено, что одной из проблем управления инновационными процессами в экономике региона является недостаток демонстрационной базы. На основании данного вывода авторами разработана демонстрационная база управления инновационными процессами в экономике региона. Эта база построена на принципе «факторизации» и включает четыре ключевых блока: фактор управления «Капитал», фактор управления «Исследования и разработки», фактор управления «Влияние на региональную экономику», фактор управления «Вовлеченность в инновационную деятельность». В работе проанализирована традиционная система управления инновационными процессами в экономике региона через рассмотрение алгоритмов реализации, механизмов и инструментов взаимодействия в сфере инноваций. Результирующим показателем работы выступает создание системы управления инновациями в экономике региона, отличающейся от традиционной и адаптированной к современным вызовам и изменениям государственных процессов.