На материале реконструкции опыта показаны затруднения, возникающие в управлении инновациями и обусловливающие ситуации функционально-смысловой неопределенности, а также возможности взаимодействия вузов и школ для преодоления ситуаций функционально-смысловой неопределенности и повышения эффективности управления инновациями. Актуализирована проблема использования синергетического потенциала взаимодействия школ и вузов в практике управления инновационным развитием образования.