В рамках проблемы поддержания экологической устойчивости территории изложена методология построения экологического каркаса. На примере Обь-Томского междуречья разработана взаимосвязанная система природоохранных территорий разного функционального назначения, включающая как существующие ООПТ, так и рекомендованные. Показаны основные структурные элементы каркаса данной территории, проанализированы их взаимосвязи и значение в сохранении природной среды.