Описан процесс мониторинга стратегии инновационного развития региона, определены его цели и задачи. Сформулированы этапы мониторинга Стратегии развития Томской области и охарактеризованы их особенности. Выявлена и проанализирована проблема соотнесения приоритетных инновационных секторов экономики региона и кодов ОКВЭД, решение которой необходимо для получения сопоставимых статистических данных. Определены цели анкетирования предприятий приоритетных секторов и сформулированы принципы формирования опросных анкет.