Полногеномный поиск генов-кандидатов, ассоциированных с показателем "глубина груди" у овец Северокавказской мясо-шерстной породы

doi:10.17223/19988591/68/7

Эндаумент фонд ТГУ!
Впиши своё имя в историю университета
- Сделать пожертвование -

Add to "Quick Collection"

Description	Size	Format
Полногеномный поиск генов-кандидатов, ассоциированных с показателем "глубина груди" у овец Северокавказской мясо-шерстной породы	690 KB	Adobe Acrobat PDF	Read	Download
DOI Доступ к ресурсу на сайте издателя			10.17223/19988591/68/7

#овцеводство

#Северокавказская мясо-шерстная порода

#полногеномный поиск ассоциаций

#однонуклеотидные замены

#гены-кандидаты

#однонуклеотидный полиморфизм

Title: Полногеномный поиск генов-кандидатов, ассоциированных с показателем "глубина груди" у овец Северокавказской мясо-шерстной породы
Creator: Зуев, Роман Владимирович
|
Криворучко, Александр Юрьевич
|
Лиховид, Наталья Геннадьевна
Date: 2024
DOI: 10.17223/19988591/68/7
Description: Одним из современных и наиболее эффективных методов поиска полиморфизмов и генов, связанных с хозяйственно значимыми признаками, является полногеномный поиск ассоциаций (GWAS Genome-Wide Association Study). GWAS помогает определить те гены, на которые следует обратить внимание в дальнейших исследованиях и, в результате, подтвердить или опровергнуть их влияние на продуктивные качества с использованием других методов. В работе представлены данные, полученные при проведении GWAS для показателя «глубина груди» у овец Северокавказской мясо-шерстной породы. Генотипирование животных проведено с использованием ДНК-биочипов Ovine Infinium HD BeadChip 600K. Контроль качества генотипирования и GWAS проведены с помощью программного обеспечения PLINK V.1.07. Визуализация и построение графиков выполнены с использованием пакета «QQman» на языке программирования «R». В результате проделанной работы выявлено 14 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP Single Nucleotide Polymorphism), преодолевших порог достоверности – log10(p) = 5. Один из полиморфизмов локализован в экзоне, четыре – в интронах, ещё один в upsream-области генов, остальные семь – в межгенных областях. В результате проведённых исследований мы можем предложить 9 новых генов-кандидатов, ассоциированных с глубиной груди овец. Среди них 4 lincRNA гена с пока ещё не известными функциями. Остальные 5 генов кодируют белки: SSBP3, SATB1, SLC44A3, ADGRV1 и MS4A14. При этом ген SLC44A3 в ранее проведенных исследованиях указывался как ассоциированный с продуктивными признаками у овец. Предлагаемые гены-кандидаты выполняют важные функции, однако нужны дальнейшие исследования, которые могли бы установить их влияние на мясную продуктивность овец. Обнаруженные нами SNP могут быть использованы как молекулярные маркеры при генотипировании секвенированием.

Relationships: Show Relationship Browser for this Object
collection(s): Журналы ТГУ
Identifier: смотреть в электронном каталоге НБ ТГУ
Type: статьи в журналах
Source: Вестник Томского государственного университета. Биология. 2024. № 68. С. 126-142
Language: rus