По результатам многолетних наблюдений исследованы сезонная динамика и характер межгодовых колебаний стока фитопланктона и зоопланктона в Верхней Оби. Показано, что сезонный максимум стока фитопланктона наблюдается в период летне-осенней межени, но в годы с непродолжительным половодьем он может смещаться на начало лета. В период весенне-летнего половодья сток фитопланктона определяется динамикой расходов воды, а в период летне-осенней межени – величиной биомассы. Сток фитопланктона в разные годы достаточно стабилен и составляет 47–65 тыс. т/год, его величина в большей степени зависит от температуры воздуха в начале лета. Максимум стока зоопланктона наблюдается в начале лета и обусловлен поступлением в русло пойменных вод. В эти периоды, на спаде половодья, сток зоопланктона определяется в большей степени его биомассой, а не объемами воды. Низкий сток зоопланктона в летне-осеннюю межень, несмотря на высокую биомассу, обусловлен низкими расходами воды. Годовые величины стока зоопланктона различаются более значительно, чем сток фитопланктона, за счет разницы в формировании июньских максимумов. Наибольший годовой сток зоопланктона наблюдается в годы с наименьшим годовым стоком фитопланктона.