Главные компоненты генетических последовательностей: корреляции и достоверность

doi:10.17537/2021.16.299

Эндаумент фонд ТГУ!
Впиши своё имя в историю университета
- Сделать пожертвование -

Add to "Quick Collection"

Description	Size	Format
Главные компоненты генетических последовательностей: корреляции и достоверность	1 MB	Adobe Acrobat PDF	Read	Download
DOI Доступ к ресурсу на сайте издателя			10.17537/2021.16.299

#метод SSA

#метод главных компонент

#исследование генов

#кодирующая последовательность гена

#вторичная структура белка

#внешние факторы

#бутстреп-метод

Title: Главные компоненты генетических последовательностей: корреляции и достоверность
Title: Principal components of genetic sequences: correlations and significance
Creator: Ефимов, Вадим Михайлович
|
Ефимов, Кирилл Вадимович
|
Ковалева, Вера Юрьевна
|
Матушкин, Юрий Георгиевич
Date: 2021
DOI: 10.17537/2021.16.299
Description: Известно, что любой числовой ряд можно разложить на главные компоненты с помощью сингулярного спектрального анализа. Недавно мы предложили новый метод анализа PCA-Seq, который позволяет вычислять числовые главные компоненты для последовательности элементов любой природы. В частности, последовательность может быть символьной, в том числе, нуклеотидной или аминокислотной. При этом неизбежно встают два вопроса: об интерпретации полученных главных компонент и об оценке их достоверности. Для интерпретации главных компонент разумно вычислять их корреляции с любыми числовыми характеристиками элементов изучаемой последовательности, используемыми в данной предметной области ‒ внешними факторами. При оценке достоверности корреляций между последовательностями необходимо учитывать, что стандартные критерии значимости опираются на предположение независимости наблюдений, которое для реальных последовательностей, как правило, не выполняется. В статье рассматривается применение для этих целей якорного бутстрепа, также ранее разработанного авторами статьи. В этом методе предполагается, что объекты могут быть представлены точками метрического пространства и в совокупности составляют в нем некоторую фиксированную структуру, в частности, последовательность. Объектам приписываются те же случайные целочисленные веса, что и при классическом бутстрепе. Этого достаточно для получения бутстреп-распределения коэффициентов корреляции и оценки их достоверности. При исследовании гена SLC9A1 (синонимы APNH, NHE1, PPP1R143) выявились достоверные корреляции первой главной компоненты кодирующей последовательности с гидрофобностью / “трансмембранностью” соответствующих фрагментов аминокислотной последовательности, содержанием в них фенилаланина, а также разностью содержания тимина и аденина в нуклеотидных фрагментах. Похожая закономерность была найдена другими авторами для других генов, весьма вероятно, что она имеет более общий характер