Управление финансами является важнейшей сферой деятельности любого субъекта хозяйства. Усиление конкуренции между вузами и другими научными и образовательными структурами, формирование значительной части бюджета за счет доходов от внебюджетной деятельности требуют инноваций в финансовом менеджменте вуза. В данной статье дан анализ инновационных направлений в высшем образовательном учреждении на основании теоретических и практических исследований.