Представлен обзор современного состояния эколого-генетических исследований с использованием ДНК, выделенной из водной среды. Кратко описана история их развития и описаны методы, используемые при их проведении. Обоснована необходимость введения нового термина “аква- ДНК” для исследований с применением выделенной из водной среды ДНК. Основными направлениями рассматриваемых исследований являются мониторинг видов-вселенцев, контроль редких и исчезающих видов, мониторинг биоразнообразия водоемов и изучение видового состава водных сообществ, контроль границ видовых ареалов, количественная оценка обилия гидробионтов, изучение состава их пищи и трофических отношений. Рассмотрено состояние исследований с применением акваДНК в различных странах и перспективы их развития в России.