Методом RAPD-PCR-анализа суммарной клеточной ДНК с использованием десяти произвольных олигонуклеотидных праймеров впервые проведено сравнение генетической изменчивости и выяснен уровень генетической дифференциации четырех подвидов длиннохвостого суслика Spermophilus undulatus (Pallas 1773), которые по аллозимным данным относятся к двум разобщенным географическим формам - западной (S. u. eversmanni) и восточной (S. u. intercedens, S. u. menzbieri, S. u. jacutensis). Идентифицированы 288 признаков, включая таксон-специфичные маркерные фрагменты для отдельных подвидов, а также для двух географических форм. Рассчитаны значения параметров генетического разнообразия и построены NJ-филогенетическая реконструкция и UPGMA-дендрограмма генетического сходства популяций. Показаны высокий уровень генетической дифференциации западной и восточной форм длиннохвостого суслика (D = 0,24-0,27; р = 0,00) и близость восточных подвидов между собой (D = 0,005-0,008; р = 1,00). Проведена таксономическая оценка их молекулярных различий.