Исследовано изменение состава микробного сообщества при формировании кислого шахтного дренажа на модели двух водоемов, расположенных в открытом карьере по добыче полиметаллических руд “Озерное” в Восточной Сибири. Первый водоем, Bu-18, наполнялся подземными водами, имел нейтральный рН и низкое содержание сульфата и растворенных ионов металлов. Второй водоем, Bu-16, наполнялся водой из Bu-18, проходящей через слой горных пород, содержащих сульфидные минералы, и представлял собой кислый шахтный дренаж с рН 2.85. В воде Bu-16 содержалось 1405 мг/л сульфата, 164 мг/л марганца, 78 мг/л магния и 26 мг/л железа. Молекулярный анализ состава микробных сообществ двух водоемов, проведенный с помощью высокопроизводительного секвенирования фрагментов гена 16S рРНК, показал, что формирование кислого шахтного дренажа сопровождается уменьшением общего разнообразия микроорганизмов и отбором нескольких доминирующих таксономических и функциональных групп. Большую часть сообщества прокариот в Bu-16 составляли хемолитоавтотрофные железо- и серо-окисляющие бактерии Leptospirillum, Acidithiobacillus, Gallionella, Sulfuriferula и Sulfobacillus. Гетеротрофные бактерии Ferrimicrobium и Metallibacterium, способные восстанавливать Fe(III) в анаэробных условиях, присутствовали в минорных количествах. Более 20% сообщества представляли бактерии группы Candidate Phyla Radiation и кандидатного филума Dependentiae (TM6), являющиеся паразитами или симбионтами других микроорганизмов. Эти группы ранее редко находили в кислых шахтных дренажах и лишь в минорных количествах. Среди эукариот в Bu-16 были обнаружены флагелляты рода Spumella, которые могут быть хозяевами Dependentiae.