На основании многолетних исследований (2004-2016 гг.) и литературных данных приводится обзор редких и охраняемых видов сумчатых и базидиальных макромицетов Томской области. Из 1 300 видов макромицетов, зарегистрированных в регионе, для естественных условий выделено 192 редких вида, что составляет около 14,7% биоты макромицетов области. Дополнительно в антропогенных условиях зарегистрировано 47 редких видов. Для каждого вида авторами приводится экспертная оценка возможного охранного статуса. В качестве первоочередных кандидатов для включения в последующие издания Красной книги Томской области предложено 55 редких видов макромицетов, включенных в Красные книги административных территорий, полностью или частично входящих в Западную Сибирь. Проанализированы основные факторы негативного влияния на разнообразие микобиоты региона и даны рекомендации по её охране.