На основе анализа состояния инновационной системы Южного федерального округа с позиций субъектно-объектного подхода сформулированы рекомендации по совершенствованию управления региональным развитием в направлении расширения функциональной роли ее субъектов; предложена схема встраивания «вертикали власти» в систему субъектно-объектных отношений региона.